Հայաստանի գիտությունների ակադեմիան (1993 թվականից՝ ՀՀ գիտությունների ազգային ակադեմիա) հիմնադրվել է 1943թ. նոյեմբերի 10-ին՝ 1935 թվականից գործող ԽՍՀՄ հայկական մասնաճյուղի (ԱրմՖԱՆ) հիման վրա: Հայաստանի գիտությունների ակադեմիայի առաջին հիմնադիրներից մեկը և պրեզիդենտն էր ԽՍՀՄ ԳԱ և Հայաստանի ԳԱ իսկական անդամ Հովսեփ Օրբելին, իսկ 1947-1993 թթ.՝ ԽՍՀՄ ԳԱ և Հայաստանի ԳԱ իսկական անդամ Վիկտոր Համբարձումյանը: 1993-2006 թթ. ՀՀ ԳԱԱ-ն ղեկավարել է ակադեմիկոս Ֆադեյ Սարգսյանը: 2006թ. մայիսի 17-ին ՀՀ Գիտությունների ազգային ակադեմիայի պրեզիդենտ է ընտրվել ակադեմիկոս Ռադիկ Մարտիրոսյանը: 
ՀՀ գիտությունների ազգային ակադեմիան ՀՀ բարձրագույն գիտական ինքնակառավարվող պետական հաստատություն է, որը միավորում է ԳԱԱ անդամներին և ԳԱԱ համակարգի գիտական հաստատությունների, հիմնարկների և ձեռնարկությունների աշխատողներին: 

ԳԱԱ-ն կազմակերպում և իրականացնում է հիմնարար և կիրառական գիտական հետազոտություններ, համակարգում հանրապետությունում կատարվող հիմնարար հետազոտությունները: ԳԱԱ-ն Հայաստանի Հանրապետության իշխանության բարձրագույն մարմինների պաշտոնական գիտական խորհրդականն է: 

ԳԱԱ-ի ֆինանսավորման աղբյուրը պետական բյուջեն է, լրացուցիչ աղբյուր են պետական և մասնավոր հիմնադրամներից հատկացվող միջոցները, ինչպես նաև հանրապետության և այլ պետությունների պատվիրատուների հետ կնքված պայմանագրերից ստացվող գումարները: 

ՀՀ ԳԱԱ-ն, որպես պետական գիտական հաստատություն, գիտահետազոտական ինստիտուտների, նրանց հավասարեցված հաստատությունների, օժանդակ ծառայությունների և կառավարման մարմնի՝ նախագահության միասնությունն է: ՀՀ ԳԱԱ-ն միավորում է 34-ից ավելի գիտական ինստիտուտներ, հաստատություններ, ձեռնարկություններ և այլ կազմակերպություններ: ՀՀ ԳԱԱ նախագահությունն ունի, ըստ գիտության բնագավառների, գիտությունների հինգ բաժանմունք՝ 

• Մաթեմատիկական և տեխնիկական գիտությունների բաժանմունք, 
• Ֆիզիկայի և աստղաֆիզիկայի բաժանմունք, 
• Բնական գիտությունների բաժանմունք, 
• Քիմիական և Երկրի մասին գիտությունների բաժանմունք, 
• Հայագիտության և հասարակական գիտությունների բաժանմունք: 

Որոշ ինստիտուտներ ունեն փորձարարական գործարաններ, փորձակայաններ, հատուկ կոնստրուկտորական բյուրոներ, բուսաբանական այգիներ և այլն: Նախագահությանն առընթեր գործում են՝ Հիմնարար գիտական գրադարանը, Միջազգային գիտակրթական կենտրոնը, «Գիտություն» հրատարակչական-արտադրական միավորումը, տպարանը, ինչպես նաև հիմնարկություններ և օժանդակ ծառայություններ: 

ՀՀ ԳԱԱ նախագահությանն առընթեր գործում են գիտական հանձնաժողովներ և խորհուրդներ /գիտահրատարակչական խորհուրդ, հաշվողական տեխնիկայի հանձնաժողով, էներգետիկայի պրոբլեմային գիտական խորհուրդ, Սևանա լճի պահպանության փորձագիտական հանձնաժողով/, իսկ գիտությունների բաժանմունքներում, ըստ գիտական ուղղությունների՝ գիտական խորհուրդներ: 

Կառավարման համակարգը

ՀՀ ԳԱԱ կառավարման բարձրագույն մարմինը ակադեմիայի ընդհանուր ժողովն է, որն ընդգրկում է ակադեմիայի իսկական անդամներին, թղթակից անդամներին և գիտական կազմակերպությունների տնօրեններին: Ընդհանուր ժողովների միջև ընկած ժամանակահատվածում ՀՀ ԳԱԱ կառավարման կոլեգիալ մարմինը ԳԱԱ նախագահությունն է՝ բաղկացած 15 անդամներից, իսկ նախագահության նիստերի միջև ընկած ժամանակահատվածում՝ նախագահության բյուրոն: 
ՀՀ ԳԱԱ բաժանմունքների կոլեգիալ ղեկավար մարմիններն են բաժանմունքի ընդհանուր ժողովը և բաժանմունքի բյուրոն: ՀՀ ԳԱԱ պրեզիդենտը, փոխպրեզիդը՝ ակադեմիկոս-քարտուղարները իրականացնում են ԳԱԱ գործունեության ընդհանուր և օպերատիվ ղեկավարումը: 

ՀՀ ԳԱԱ անձնակազմը

Ակադեմիայի աշխատակիցների ընդհանուր թիվը 3800-ից ավելին է, այդ թվում մոտ 340 գիտության դոկտոր և մոտ 1100 գիտության թեկնածու: Ակադեմիայի կազմում ընդգրկված են 48 ակադեմիկոս, 57 թղթակից անդամ, 4 պատվավոր անդամ, 135 արտասահմանյան անդամ և 40 պատվավոր դոկտոր: ՀՀ ԳԱԱ անդամների ընտրությունն անց է կացվում, որպես կանոն, ոչ ուշ, քան 3 տարին մեկ անգամ, ՀՀ ԳԱԱ ընդհանուր ժողովում: 

Միջազգային գիտական համագործակցություն

ՀՀ ԳԱԱ-ն գիտական համագործակցության պայմանագրեր ունի Ռուսաստանի, Վրաստանի, Բելառուսի, Ուկրաինայի, Թուրքմենիայի, Հունգարիայի, Չինաստանի գիտությունների ակադեմիաների, Մեծ Բրիտանիայի Թագավորական Ընկերության հետ: 
Համակարգի գիտահետազոտական ինստիտուտները գիտական համագործակցության լայն կապեր ունեն ԱՄՆ-ի, Գերմանիայի, Ֆրանսիայի, Նիդեռլանդների, Իսրայելի, Պարսկաստանի, Կիպրոսի, Մեքսիկայի և այլ երկրների գիտական կենտրոնների հետ: ՀՀ ԳԱԱ գիտնականները մասնակցում են միջազգային մի շարք հիմնադրամների և այլ կազմակերպությունների գիտական ծրագրերին: